在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科研結果

1、从光敏培养出神经元中添加DNA交连核苷酸质

方便区分光交连蛋清质-DNA黏结物用来LC-MS讲解，作著联合开发一个多种变形纯化方案设计，可从DNA中去否则交连蛋清质，仅在射进来的角时借助直接性dna组交往生物富集DNA交连蛋清质。用TRIZOL获取着色质并的还原落网获的非交连蛋清，接下来将其坏点重新溶解性以参与RNase代谢。借助高周波裁切得到蛋清质交连DNA的获取物，在硫氰酸胍中烧开，然变形，并在二脱色硅离心式柱上轻微洗涤剂以去否则交连蛋清质一直到完整。借助核酸酶治理从DNA中产生光交连蛋清，并参与胰蛋清酶代谢用来LC-MS讲解。该方式方法称为蛋清质交连DNA获取或XDNAX。

图1.血清质交连DNA提炼或XDNAX环节图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会直接学习DNA的脂肪酸质图谱

将光化学交联策略软件应用于MCF7神经元，感觉了1,805种备选核血清，在这当中1,191种都存在于3个或许多次再次中。60%的DNA完美角色组配有核酸根据的GO参考文献标注，在贫乏核酸根据参考文献标注的核血清质中，很大的贡献度来源核纤层核血清，之后是陆续参与染色法质组织性和神经元分列的核血清质（图2）。

图2 . 可简单接触到 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3小结了DNA主动帮助组所抽象性的核营养物质-DNA表面下列不属于蕴含的核苷酸热塑肽。这还有可能（1）球状DNA整合的结构域、（2）DNA 整合混乱区（IDR）和（3）可能与其它的核营养物质（举例组核核淀粉酶酶酶整合核核淀粉酶酶酶）、RNA（举例剪接因素）或相分开区室（举例核仁核核淀粉酶酶酶）主动帮助而引致的学习环境表示。

图3 . 可单独学习 DNA的的结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析细胞系扰动阶段与DNA联系的转录要素

雌的的激素类肾上腺素受体α（ESR1）驻流进胞质溶胶中，等你遭到其配体，打断易位到人体血神经元结构，在处它与基因组组中的相关部位运用以启用相关的转录系统。将血清饥饿的MCF7人体血神经元曝光于高的用药量雌的的激素类（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与虚拟外理的对比人体血神经元更加想一想的DNA双方能力组（图4A）。在其中，雌的的激素类敏感后DNA双方能力组中的ESR1扩大了30倍（图4B）。总的来看，在1,814个降钙素原检测的淀粉酶质-DNA双方能力中，约有9%屏幕上显示出可超过2倍的明显波动，并观查到与ESR1拥有双方能力的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌皮质激素清理乳房癌神经元 DNA 共同做用组的定量分析相对比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

探讨开始人类什么是基因组的蛋清质以介绍它是该怎样被读取数据并付诸实训的，很久是科研课题人士一名长远的最求。人类什么是基因组可及性一般以DNA为机构的立场实施探讨，当然，到如今截止，着色质凝露中的哪种蛋清质与DNA 再次发生物理化学之间的功效尚不清晰。施用零差距光化学交联，可显示DNA之间的功效组中的基本上数蛋清质，XDNAX技术工艺将作蛋清质-DNA之间的功效探讨的强大的APP。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、掩盖组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参看文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.